Die Fähren von den Kykladen fahren zu den wichtigsten Häfen Griechenlands, einschließlich Piräus, das nur wenige Kilometer von der griechischen Hauptstadt entfernt liegt. Außerdem zu dem Hafen von Lavrio, der dem Archipel gesehen am nächsten liegt, und zu dem Hafen von Kavala, der im Nordosten des Landes liegt.
Weitere Fähren von den Kykladen sind zu den anderen benachbarten Archipelen geplant. So werden Fähren an die nördliche Ägäis und Fähren an die Dodekanes Inseln angeboten. Die Routen mit der Fähre von den Kykladen auf die größeren Inseln und an die Haupthäfen sind das ganze Jahr über gewährleistet und werden häufiger befahren, während die Routen auf die kleineren Inseln eher in der Sommerzeit bedient werden.
Während der Sommermonate kann man vom Hafen von Heraklion auf Kreta auch die Inseln Ios, Paros, Santorin (Hafen von Thira), Milos und Mykonos erreichen, dank einiger Abfahrten, die von der Reederei Minoan verwaltet werden. Weitere Überfahrten sind vom griechischen Hafen Thessaloniki auf die Inseln Samos (zu den Häfen von Vathy und Karlovassi), Syros und Mykonos geplant.
Von den Häfen Piräus, Kavala und Lavrio fahren Fähren auf die Kykladen: Amorgos (Aegiali), Anafi, Andros, Donousa, Folegandros, Ios, Iraklia, Kea, Kimolos, Kythnos, Koufonisi, Milos, Mykonos, Naxos, Paros, Santorin, Serifos, Shinousa, Sifnos, Sikinos, Syros und Tinos.
Alle Fähren auf die Kykladen befördern Fahrzeuge, Passagiere und Haustiere. Während der Reise können die Gäste an Bord die verschiedenen gastronomischen Angebote der Restaurants und Bistros genießen, sowie alle Formen der Unterhaltung, die zur Verfügung stehen, wie z.B. der Fernsehraum, das Casino, der Swimmingpool und die Geschäfte.
Was die Unterkünfte betrifft, so können sich die Reisenden der Fähren auf die Kykladen für die günstigsten Lösungen wie den Deckpassage und die Sessel entscheiden, oder sie können in völliger Entspannung und Privatsphäre in den Kabinen reisen. Für Fahrgäste mit eingeschränkter Mobilität stehen speziell ausgestattete Kabinen zur Verfügung.